Berdasarkan Permenkes Nomor: 10 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Kekarantinaan Kesehatan, UPT Bidang Kekarantinaan Kesehatan mempunyai tugas melaksanakan upaya cegah tangkal keluar atau masuknya penyakit dan/atau faktor risiko kesehatan di wilayah kerja pelabuhan, bandar udara, dan pos lintas batas darat negara
Dalam melaksanakan tugas, BBKK menyelenggarakan fungsi :
a. penyusunan rencana, kegiatan, dan anggaran;
b. pelaksanaan pengawasan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
c. pelaksanaan pencegahan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
d. pelaksanaan respon terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;
e. pelaksanaan pelayanan kesehatan pada kegawatdaruratan dan situasi khusus;
f. pelaksanaan penindakan pelanggaran di bidang kekarantinaan kesehatan;
g. pengelolaan data dan informasi di bidang kekarantinaan kesehatan;
h. pelaksanaan jejaring, koordinasi, dan kerja sama di bidang kekarantinaan kesehatan;
i. pelaksanaan bimbingan teknis di bidang kekarantinaan kesehatan;
j. pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang kekarantinaan kesehatan; dan
k. pelaksanaan urusan administrasi UPT Bidang Kekarantinaan Kesehatan