Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor : 33 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan, KKP berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Direktur Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit (P2P) Kementerian Kesehatan RI. KKP secara administratif dikoordinasikan dan dibina oleh Sekretaris Direktorat Jenderal dan secara teknis fungsional dibina oleh Direktur di lingkungan Direktorat Jenderal sesuai dengan tugas dan fungsinya. Klasifikasi KKP meliputi KKP kelas I, kelas II, kelas III dan kelas IV. Berdasarkan klasifikasi KKP, Makassar masih mendapat klasifikasi sebagai kelas I. Mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi KKP, dapat dibentuk Wilker KKP yang ditetapkan oleh Menteri berdasarkan usulan dari Direktur Jenderal

A.     Tugas Pokok dan Fungsi

        1.   Tugas Pokok

Berdasarkan PMK Nomor : 33 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan, KKP mempunyai tugas melaksanakan upaya cegah tangkal keluar atau masuknya penyakit dan/atau faktor risiko kesehatan di wilayah kerja pelabuhan, bandar udara, dan pos lintas batas darat negara.

2.   Fungsi

 Dalam melaksanakan tugas, KKP menyelenggarakan fungsi :

a.     penyusunan rencana, kegiatan, dan anggaran;

b.     pelaksanaan pengawasan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan; 

c.     pelaksanaan pencegahan terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan; 

d.     pelaksanaan respon terhadap penyakit dan faktor risiko kesehatan pada alat angkut, orang, barang, dan/atau lingkungan;

e.     pelaksanaan pelayanan kesehatan pada kegawatdaruratan dan situasi khusus; 

f.      pelaksanaan penindakan pelanggaran di bidang kekarantinaan kesehatan;

g.     pengelolaan data dan informasi di bidang kekarantinaan kesehatan; 

h.     pelaksanaan jejaring, koordinasi, dan kerja sama di bidang kekarantinaan kesehatan;

i.       pelaksanaan bimbingan teknis di bidang kekarantinaan kesehatan;

j.       pelaksanaan pemantauan, evaluasi, dan pelaporan di bidang kekarantinaan kesehatan; dan

k.     pelaksanaan urusan administrasi KKP

    B.     Struktur Organisasi